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국내 가상세포 연구 국제화 본격 시동
국내 가상세포 연구 국제화 본격 시동KAIST 대사회로 분석 프로그램‘메타플럭스넷(MetaFluxNet)’ 새 버전 발표
- KAIST 이상엽교수 연구팀, 과학기술부 국가지정연구실 및 시스템생물학 사업
가상세포 대사 시뮬레이션 소프트웨어의 시스템생물학 기반 업그레이드 버전 MetaFluxNet v. 1.69 개발 공개
컴퓨터 상에서 대사회로 분석 시뮬레이션을 통해 실제 생물 실험의 상당부분을 효율적으로 대체하여 비용 절감 및 시스템 성능 개선 효과
시스템 생물학 연구의 국제 공동체인 SBML 프로그램에 공동참여
향후 데이터베이스와 연동하여 가상세포시스템 구축을 위한 통합환경 개발 및 상용화 예정
1. 개발배경
몇 년 전까지만 해도 한 미생물의 유전자 지도를 완성하기 위해 1년 이상 걸리던 것이, 이제는 불과 며칠 밖에 걸리지 않고, 유전자에서 단백질과 상호작용 네트워크에 이르기까지 다양한 수준의 생물학 정보들이 한꺼번에 쏟아져 나오고 있다.
이제 이러한 정보와 첨단 컴퓨터 가상실험 기술을 이용해 복잡한 생명현상을 이해하거나 이를 산업적으로 이용하려는 노력이 이뤄지고 있다. 축적된 수많은 생물정보들을 바탕으로 가상세포를 모델링하여 생명체 현상을 체계적으로 분석하고 활용하는 시스템 생명공학 연구가 바로 이와 같은 맥락으로, 전 세계에서 경쟁적으로 이루어지고 있는 반면 국내 연구는 다소 미흡한 실정이었다.
2. 개발현황
KAIST(총장 로버트 러플린) 생명화학공학과 대사공학국가지정연구실의 이상엽(李相燁, 40, LG화학 석좌교수, KAIST 생물정보연구센터 소장)교수는 생물정보연구센터의 이동엽 박사와 공동으로 기존에 초기 버전으로 공개했던 가상세포 분석 프로그램 MetaFluxNet의 새로운 버전 1.69를 개발하는데 성공하였다.
이번에 발표한 새 버전을 통해 약 1,000개 이상의 생화학 반응식들로 이루어진 실제 미생물에 근접한 가상세포시스템 구성이 가능해졌다. 이를 바탕으로 컴퓨터상에서 실험 환경을 다양하게 변화시키거나 유전자를 조작했을 때 세포 내부에서 어떤 현상이 일어나는지 가상적으로 정확하게 예측하게 된다.
전체 세포 수준의 미생물 모델링을 비롯하여, 세포내의 흐름분석, 네트워크 시각화 등의 가상 세포 시뮬레이션을 위한 핵심 기능을 제공하고 있고, XML과 같은 최신 데이터 교환기술을 이용해 다양한 프로그램과 효과적으로 연동할 수 있다.
李 교수팀은 숙신산 산업균주인 맨하이미아균의 유용성을 규명하는데 이 프로그램을 일부 활용하여 최근 네이처 바이오테크놀로지에 발표한 것으로 알려졌다.
3. 개발성과 및 향후계획
李 교수팀은 실험, 문헌 및 자체 개발한 각종 데이터베이스로부터 다양한 가상세포 모델을 구축하고 적용하여 막대한 시간과 비용이 드는 수많은 반복 실험의 상당부분을 대체하고 있다. 현재 MetaFluxNet(버전 1.69) 프로그램 패키지는 대사공학국가지정연구실의 홈페이지(http://mbel.kaist.ac.kr)에서 무료로 다운로드 받을 수 있고, 지금까지 약 30여개국 300여명의 전 세계 대사공학 및 생물학 관련 연구자들이 이용하고 있다.
이러한 성과를 인정받아 시스템 생물학 연구 국제공동체인 SBML의 요청으로 시스템 생물학 국제 공동 연구에 일원으로 참여하게 되었다. 이로써 전 세계 시스템 생물학 및 가상 세포 연구에 주도적 역할을 기대할 수 있게 되었다.
한편, 이 교수팀과 생물정보연구센터는 올해 개발 공개한 대사회로 통합 데이터베이스 시스템인 바이오실리코와 유기적으로 연동할 수 있는 최적 환경을 구축하고 있고, 웹상에서 가상 세포의 동적인 거동을 예측할 수 있는 시스템도 KAIST 박선원 교수팀과 공동으로 개발에 나서고 있다. 향후 완전 자동화된 최종 통합 프로그램은 기업체와 공동으로 상용화할 계획이다.
2004.11.08
조회수 23040
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황규영 교수, 최첨단 DBMS 저장시스템 개발
64비트 멀티쓰레드 최첨단 DBMS 저장 시스템 "코스모스/MT-64" 개발
KAIST 첨단정보기술연구센터 소장 황규영(黃奎永, 53, KAIST 전산학과) 교수는 과학재단으로부터 15년간 약 30억원의 연구비를 지원받아 데이터베이스 관리 시스템(DBMS)의 핵심 모듈인 저장 시스템 "코스모스/MT-64"를 개발했다고 밝혔다.
코스모스/MT-64는 64비트 플랫폼(platform, 응용프로그램이 실행될 수 있는 기초를 이루는 컴퓨터 시스템)과 멀티쓰레드(multi-thread, 한 프로그램이 다수의 작업을 동시에 수행하는 방식)를 지원하는 상용 수준의 최첨단 DBMS 저장 시스템이다.
이번에 개발된 코스모스/MT-64는 64비트 플랫폼을 지원함으로써 32비트 플랫폼이 가지는 저장 용량의 한계를 극복하였다. 64비트 플랫폼은 100GB 하드디스크 3,000억 개의 저장 용량 지원이 가능한데, 이는 현재 전 세계의 모든 웹 문서를 저장하고도 남는 방대한 용량이다. 또한, 코스모스/MT-64는 멀티쓰레드 (multi-thread)를 지원함으로써 수천 개의 응용프로그램을 동시에 처리하는데 탁월한 성능을 발휘한다. 멀티쓰레드는 적은 컴퓨팅 자원으로 동시에 다수의 프로그램을 수행시킬 수 있는 기술이며, 이로 인해 소형워크스테이션에서도 마치 대형서버의 효과를 얻을 수 있다.
오디세우스 객체관계형 DBMS의 개발자이기도 한 黃교수는 상용 수준의 DBMS저장 시스템 기술이 Oracle, IBM, Microsoft와 같은 세계 최고의 DBMS 개발社 들만이 보유하고 있는 최첨단의 고난도 기술이며, 특히 64비트 멀티쓰레드 저장시스템 기술은 國內最初이고 외국 주요 개발사에서도 불과 1~2년 전에서야 개발이 완료된 최신기술이라고 전했다. 또한, 코스모스/MT-64는 10년간의 개발과 5년간의 테스팅을 거친 부단한 노력의 결정체로서 세계 시장에 내놓아도 전혀 손색이 없을 것이라고 확신했다. 2004년도 세계 DBMS 시장 규모는 약 88억 달러로 추정되며, 향후 지속적인 연구 개발을 통해 세계 시장에 진출함으로써 막대한 부가 가치를 창출하겠다는 원대한 포부를 밝혔다.
코스모스/MT-64는 데이터 관리 소프트웨어를 자동차로 비유했을 때 핵심 부품인 엔진에 해당하며, 엔진 중에서도 포뮬러(국제자동차연맹이 매년 발표하는 경주용 자동차의규격) 경주용차를 위해 개발된 최강의 고성능 엔진이라고 보면 된다. 즉, 코스모스/MT-64는 각종 데이터 관리 소프트웨어에 내장되어 그 소프트웨어의 성능을 최고로 끌어올려 줄 수 있다는 것이다. 이와 같은 막강한 기능과 용이한 탑재성으로 코스모스/MT-64는 향후 다양한 데이터 관리 소프트웨어의 개발에 핵심적으로 사용될 수 있을 것으로 기대된다.
2004.10.27
조회수 17947
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전기화학식 이산화탄소 센서 개발
신소재공학과 박종욱(朴鍾郁, 49) 교수팀은 일본이나 독일제품보다 월등히 우수한 특성을 지닌 전기화학식 이산화탄소 센서 개발에 성공했다.
2001년부터 농림부 기술개발과제의 일환으로 시작된 센서 연구는 자체 개발한 전극 보조물질을 채용한 새로운 구조로, 수 ppm에서 수십% 범위의 이산화탄소 농도를 정확히 측정할 수 있다. 초기 동작시간도 10분 이내로 빠르고 보정 없이 2년 이상 사용할 수 있어, 일본(Figaro사)과 독일(Zirox사) 제품의 초기 동작시간이 각각 7일과 30분인데 비하면 월등히 우수하다.
공기 중 이산화탄소 양을 측정하는 방법은 광학적 방법과 전기화학적 방법이 있다.
현재 가장 많이 사용 중인 광학적 방법은 이산화탄소가 특정 파장(4.26 um)의 적외선(NDIR) 만을 흡수하는 성질을 이용, 적외선의 흡수정도를 측정함으로서 이산화탄소의 양을 계산한다.
정교한 광학계를 사용해야 하기 때문에 가격이 비싸고 열악한 환경에서는 광학계가 쉽게 더러워져 사용이 어렵다는 단점이 있다.
산화물 전해질을 사용하는 전기화학식 센서는 값이 싸고 더러운 환경에서도 안정적으로 작동하지만, 광학식에 비해 초기 동작시간이 길고 자주 보정해 주어야 하는 단점 때문에 사용이 제한적이었다.
이번에 개발된 朴 교수팀의 전기화학식 센서는 이러한 단점들을 극복하여 이산화탄소 센서 기술의 새로운 표준을 제시, 제품의 흐름을 바꿀 수 있는 혁신적 연구 성과로 평가할 수 있다.
한편, 이산화탄소는 물 햇빛과 함께 식물 발육을 좌우하는 3대 요소 중 하나. 선진국에서는 이산화탄소 양을 조절하여 농식물의 생산성을 높이고 보관기간을 늘리는 기술이 다양하게 개발되고 있다. 특히 심야의 악조건에서도 신뢰성 있게 작동되는 저렴한 이산화탄소 측정기의 필요성이 점점 증대되고 있다. 우리나라에서는 최근 "빌딩 증후군(sick building syndrome)" 방지를 위해 건물 내 이산화탄소 양을 1000ppm 이하로 낮추도록 관련 법령을 개정했다. 도심의 빌딩에서도 이산화탄소 양을 정확히 측정하여 과도한 환기를 줄이고 에너지 효율을 높이는 기술이 절실해지게 된 것이다.
박종욱 교수는 화학 센서 분야의 세계적인 권위자로, 2000년에는 산화물 반도체식 센서를 이용한 음주 측정기를 개발, 실험실 벤처회사 (주)CAOS를 설립했고, 음주측정기는 현재 세계 최대의 시장점유율을 갖는 명품이 됐다. 또한 작년에는 2편의 해외 저명 학술지(J. Materials Science)에 화학센서 특별기획을 편집하기도 했다.
2004.09.22
조회수 25303
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고규영교수팀 - 건강한 혈관생성단백질 개발
건강한 혈관을 만들고 혈관 내피세포의 손상을 막아주는 단백질이 국내 연구진에 의해 최초로 개발돼 심장병과 뇌중풍 치료에 획기적인 길이 열렸다. KAIST 생명과학과 고규영(高圭永·47) 교수는 13일 세계 최초로 ‘COMP-Ang1’이라는 혈관생성 및 혈관 내피세포 보호 단백질을 조정현 박사와 함께 만들었다고 밝혔다. 이 단백질은 기존 혈관생성물질과 달리 건강하고 염증 없는 혈관을 생성한다고 고 교수는 설명했다. 혈관이 막혀 산소와 영양분의 공급이 차단돼 생기는 심장 허혈증, 심근경색, 뇌중풍 등 허혈성 심장 및 뇌질환 환자에게 건강하고 염증 없는 혈관을 생성시킴으로써 근본적인 치료에 도움을 준다는 것. 이번 연구결과는 그 우수성과 중요성을 인정받아 세계적 학술지인 미국 ‘국립학술원학회지(PNAS)’ 4월호에 이례적으로 2편의 논문으로 나뉘어 게재될 예정이며 국제특허도 출원 중이다.
2004.04.22
조회수 19822
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윤춘섭 교수, 世界 最高 출력 청색 고체레이저 개발
- 레이저 디스플레이 실용화 난제 해결, 가정용 TV에서 대형전광판까지 화질의 혁명 열날 머지않아
디스플레이 기술의 완결판으로 일컬어지는 차세대 레이저 디스플레이의 핵심광원인 청색 고체레이저가 世界 最高 출력으로 개발되었다.
KAIST(한국과학기술원) 물리학과 윤춘섭(尹椿燮, 54) 교수팀이 LG전자와 공동으로 개발한 청색 레이저는 청색의 색감도가 가장 높은 456nm(나노미터) 파장에서 cw(연속파) 1.7W(와트)의 세계 최고출력을 달성하였다. 지금까지 개발된 456nm 파장의 청색 레이저는 2002년 독일 함부르크(Hamburg)대학에서 달성한 0.84W가 최고 출력이었지만 레이저 디스플레이의 실용화에 필요한 2W 수준에는 미치지 못하였다. 이번에 개발된 청색 레이저는 TEMoo(횡모드oo, Transverse Electro Magnetic)의 단일 모드이고, 레이저 헤드의 크기가 4×4×10 cm3의 소형이며 출력 안정도가 ±1% 이내의 매우 우수한 특성을 보유하고 있다.
레이저 디스플레이는 빛의 삼원색인 청, 녹, 적색의 레이저를 광원으로 사용하여 이들 세 가지 색을 주사방식에 의해 적절한 비율로 혼합함으로써 모든 종류의 자연광을 낼 수 있는 장점을 가지고 있다. 따라서 레이저 디스플레이는 선명도, 색구현, 색대비, 휘도, 화면크기에서 픽셀(화소, Pixel) 방식을 사용하는 CRT, LCD, PDP 등 타 디스플레이 기술의 추종을 불허하는 차세대의 궁극적인 디스플레이 기술로 인식되고 있으며, 일본의 Sony, 미국의 Laser Power Corporation, 독일의 Laser Display Technologie 등 선진 디스플레이 강국이 수면 하에서 치열하게 기술 개발을 진행시키고 있다.
고휘도, 대화면 레이저 디스플레이의 실용화를 위해서는 레이저의 출력이 청색 2W, 녹색과 적색이 3W 이상 이고, 출력 안정도가 ±3% 이내 이어야 한다. 삼원색 광원 중 적색은 적색 고출력 레이저 다이오드를 사용하고, 녹색은 기존 네오디뮴 레이저의 1064 nm 파장을 2차 조화파인 532 nm 파장으로 변환시켜 고출력으로 얻는데 별 문제가 없다. 그러나 청색 파장의 기본파 레이저는 3준위(레벨) 레이저로서 4준위 녹색 레이저와는 달리 상온에서 첫 번째 들뜬 상태 에너지 준위에서의 밀도 분포와 재흡수로 인해 2W급의 고출력을 내는 것이 어려웠다. 이는 레이저 디스플레이의 실용화를 가로막는 가장 큰 장애 요인이 되어 왔는데, 尹교수팀의 2W급 고출력 청색 레이저 개발의 의미는 이러한 장애 요인을 제거하여 레이저 디스플레이의 실용화를 가능케 한다는데 있다. 금번 개발된 2W 급 고출력 청색 레이저 기술은 차세대, 고화질, 대화면 레이저 디스플레이에서 국제적으로 월등히 유리한 위치를 점할 것으로 예상 된다.
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* 고출력 청색 레이저 개발의 의미
디스플레이 기술의 완결판으로 일컬어지는 고선명도, 고색감도, 고휘도, 대화면 레이저 디스플레이는 빛의 삼원색인 청, 녹, 적색의 고출력 레이저 광원이 필수적인데, 이를 위한 cw(연속파) 고출력 녹색 및 적색 레이저는 이미 개발되었으나, 고출력 청색 레이저가 개발되지 못해 레이저 디스플레이 실용화에 가장 큰 장애 요인이 되어 왔다. 최근까지 청색의 색감도가 가장 높은 456 nm 파장의 청색 레이저는 0.84W가 세계 최고 출력이었고, 이는 레이저 디스플레이의 실용화에 요구되는 2W급에 훨씬 못 미치는 수준이다. 따라서 이번 KAIST 물리학과 윤춘섭 교수팀의 2W급 고출력 청색 레이저 개발의 의미는 이러한 장애 요인을 제거하고 레이저 디스플레이의 실용화를 가능케 한다는데 있다.
2004.03.04
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